Le système presbytéro-synodal
Sur le plan local, le Conseil presbytéral (d’après le mot grec signifiant "ancien") est composé de membres laïcs élus pour 4 ans par l’Assemblée générale de la paroisse ainsi que du (ou des) pasteur(s), membre(s) de droit. Le Conseil est responsable des aspects spiritueals, administratifs et financiers de l’Eglise locale. Il nomme le(s) pasteur(s) et le(s) évalue régulièrement en accord avec le Conseil régional.
Sur le plan régional, les délégués désignés par chaque église locale constituent le Synode régional, qui élit en son sein le Conseil régional pour 4 ans.
Chaque synode régional élit ses délégués au Synode national, qui élit en son sein le Conseil national pour 4 ans. Le Synode national de l’EPUdF définit les règles communes applicables à l’ensemble de l’Eglise et de ses pasteurs.